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工業主板與商業主板的區別如下：
1、尺寸規格
商業主板目前主要采用ATX架構，但是工業主板為了適應多種應用環境，采用了多種尺寸規格的主板。包括ATX、Micro-ATX、LPX、POS、PICMG、ETX、CPCI等各種規格。
2、擴展槽的支持
商業主板，往往只能提供4-5根的PCI插槽。同時使用4根時驅動能力有相當大的衰減，因此大多數商用主板僅提供3根PCI槽。而工業主板，由于其設計用料的工業性，其對PCI插槽的支持可以輕而易舉的實現對5根PCI的支持，同時不會造成PCI驅動能力的衰減。同時可以支持對高帶寬的PCI-X設備。帶有ISA插槽，可以實現對工業ISA低速采集卡，數據卡的良好支持。嵌入GPIO總線，可以實現GPI，GPO功能。
3、使用的元器件
商業主板由于追求的產品的時效性，以及本身產品的市場定位，對元器件選擇要求上一般只需滿足的系統運行要求。工業主板需要高要求驗證元器件，用以保證產品在惡劣條件下高可靠性要求。
4、使用環境
工業主板常在惡劣環境下工作（工作時間長、氣候惡劣、潮濕、振動、多塵、輻射、高溫等），而這些環境商業主板無法勝任。
5、使用周期
由于商業主板更新換代的速度快，所以一般的商業級主板只有2到3的使用周期。而工業主板可達到5年的使用周期。
6、產品的可靠性
基于市場定位，商業主板一般只有CCC認證、民用級的電磁兼容認證。工業主板由于工業市場對可靠性的要求，在每一款主板在上市前都會做CE EMC、FCC、QA realbility等工業級要求測試認證。
7、管理性
商業主板只提供最簡單的遠程管理。而工業主板除了可以提供類似的遠程連接管理外，還可以實現遠程無人值守的自動開關機功能。通過內嵌的IPMB，SMNP-1000模塊，可以實現系統實時運行信息的管理、記錄、發送功能。
8、客制化
普通的商業主板一但生產出來就無法再針對市場需求更改，完全無客制化的設計。而工業主板可以靈活的滿足客戶后續的特殊需求，實現客制化，更好、更完美配合客戶的使用需求環境。
9、保護功能
此項功能，普通的商業主板是沒有提供的。工業主板通過特殊設計，可以實現WATCH DOG功能，防浪涌沖擊的功能，保證系統在惡劣環境的高穩定性要求。
10、工作溫度
普通的商用主板工作溫度范圍在5℃~38℃之間，而采用寬溫設計的工業主板，工作溫度范圍可達-20℃~70℃。
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